Mózg aligatora jest mózgiem gada i służy zwierzęciu do przetrwania. Aligator ma bardzo wyostrzone zmysły: wzroku, słuchu, dotyku, smaku i węchu. Zachowanie aligatora jest bardzo złożone. Aligator potrafi biegać, chować się, atakować, może człowieka zjeść. Ma instynkt i emocje. Jednak z ludzkiego punktu widzenia aligator nie jest inteligentny.